XSL 変換言語を使えば、どのように XML ドキュメントが他の XML ドキュメントやテキストファイルへ変換されるかを指定することができます。XSLT ドキュメントにより生成される XML ドキュメントの１つに、PDF の生成処理を行うために使用される FO ドキュメントがあります。XMLSpy には (XSLT 1.0, XSLT 2.0, and XSLT 3.0 のための) XSLT プロセッサーが内蔵されており、使用中のシステムにある FO プロセッサーと連携することで、XML ファイルから様々な形式の出力を生成することができます。XMLSpy インターフェースから、直接 FO プロセッサーを使用するには、FO プロセッサーの場所をオプションダイアログ（「ツール | オプション」）の XSL セクションにて指定する必要があります。
XMLSpy には XQuery エンジンも内蔵されており、（XML ドキュメントへの参照無しでも）XQuery ドキュメントを実行することができます。
上記の変換を行うためのコマンドは、全て XSL/XQuery メニューに収められています。更に、このメニューからは Altova XSLT/XQuery デバッガーを使用するためのコマンドへもアクセスすることができます。
